分子蒸餾器的蒸餾過程經歷以下過程：

1.分子從主液相到蒸發表面的擴散：通常，液相中的擴散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，因此應盡可能減少液層厚度，并加強液層的流動。

2.液體層表面分子的自由蒸發：蒸發速率隨溫度的升高而增加，但分離因子有時隨溫度的增加而降低。因此，應根據加工材料的熱穩定性選擇經濟合理的蒸餾溫度。

3.分子從蒸發面飛到冷凝面：在蒸汽分子從蒸發表面飛到冷凝面的過程中，它們可能會相互碰撞，或與殘留在兩側的空氣分子碰撞。由于蒸發分子比空氣分子重得多，而且大多數分子的運動方向相同，因此它們自身的碰撞對飛行方向和蒸發速度幾乎沒有影響。殘余氣體分子的數量是影響飛行方向和蒸發速度的主要因素。

4.分子在冷凝表面上冷凝：只要熱表面和冷表面之間有足夠的溫差，并且冷凝表面合理光滑，就認為冷凝步驟可以在瞬間完成，因此選擇合理的冷凝器形式很重要。

分子蒸餾器的蒸餾條件：殘余氣體的分壓必須非常低，因此殘余氣體的平均自由程長度是蒸餾器表面與冷凝器之間距離的倍數。在飽和壓力下，蒸汽分子的平均自由程長度必須與蒸發器和冷凝器表面之間的距離具有相同的數量級。